区别在于：工作原理不同、作用功能不同、类型分类不同。
1、工作原理不同：新风系统的工作原理：根据在密闭的室内一侧用专用设备向室内送新风，再从另一侧由专用设备向室外排出，从而满足室内新风换气的需要。全热交换器工作原理：产品工作时，室内排风和新风分别呈正交叉方式流经换热器芯体时，由于气流分隔板两侧气流存在着温差和蒸汽分压差，引起全热交换过程。
2、作用功能不同：新风系统主要用于室内空气净化、通风，用室外的新鲜空气更新室内由于居住及生活过程而污染了的空气，以保持室内空气的洁净度达到某一最低标准的水平。全热交换器能效降低空调系统负荷，有效地解决了提高室内空气品质与空调节能之间的矛盾，在空调系统节能领域中具有不可替代的作用。
3、类型分类不同：新风系统可分为：单向流新风系统、双向流新风系统、地送风系统管道新风系统、单体新风系统；全热交换机可分为：轮转式全热交换器、板翅式全热交换器。
