陕西中医药大学好
第一、历史：西安医学院06年才升本，陕西中医药上世纪50年代就是本科了。
第二、区位：两者不分伯仲。陕西中医药名为咸阳高校，但位于西咸新区的沣东新城，借着西咸一体化的东风，直通西安地铁一号线，不仅没有弱势甚至比西安鄠邑、临潼的高校区位更好。
第三，科研：西安医学院只有一个一级硕士点临床医学。陕西中医药大学有五个，临床医学、中医学、中西医结合、中药学、药学。科研上的差距从更名情况也可以看出来。
第四，医院：对于医学类高校，附属医院也是实力的重要一环。优秀的附属医院既是高校实力的体现，也能为高校提供科研平台、为临床医学学生提供好的实习环境。
根据各自官网数据，陕西中医药大学有附属医院20家，西安医学院5家。
在三甲方面，陕西中医药大学旗下附属医院有陕西中医药大学附属医院、陕西中医药大学第二附属医院、陕西省结核病防治院、西安市胸科医院、宝鸡市中心医院、西安中医院、宝鸡中医院、延安市中医院、安康市中医院、榆林市中医院、庆阳市中医医院、银川市中医医院、威海市中医院（居然在山东还有一家，特意登录威海中医院官网看了，官网上确实说明了为陕西中医药大学的附属医院）等。西安医学院旗下的陕西省人民医院、西安医学院第一附属医院、西安医学院第二附属医院为三甲。
评论中有提出直属附属和非直属附属问题的，两校的直属三甲医院应该都是两个（不确定，请知情人补充），即各自的第一、第二附属医院。非直属附属医院，陕西中医药大学要多于西安医学院。
我个人认为比总的附属医院更合适一些，因为医学生实习时也会分配到非直属附属医院。
第四，就业：目前，我国三甲医院除急诊和儿科外（这两个挨打多，没人愿意干）主要科室基本要求都是博士文凭起。有没有临床医学一级博士点是医学院就业的一道门槛，而两校都没有博士点。因此无论陕西中医药大学还是西安医学院，两校医学类主要对口就业是以地方性医院为主，药学和其他类以非外资的医药企业和政府相关岗位为主，想要更上一层楼需要考研等进修，没有实际性差别。
第五，定位：陕西省在985、211工程之外，推出了陕西省省属高水平大学建设计划，可以视为陕西省的“省重点”。陕西中医药和西安医学院两校都不在此名单之列，定位上没有区别。
有些答主提到的西安医学院建设西北医科大学的事。2012年陕西省曾提出来以西安医学院和陕西省人民医院为基础，组建西北医科大学的计划。
但这事已经不可能了。
以西安医学院的实力，是没法单独成为西北医科大学的，硕士点的硬门槛都迈不过去。当年的规划是“小马拉大车”，是把西安医学院和陕西省人民医院合并，借由陕西省人民医院的硕士点“借壳上市”。
2018年1月20日，西北工业大学成立医学研究院。同天，陕西省人民医院增挂“西北工业大学附属医院”牌匾。
顺便提一下，延安大学在省高水平建设名单之内，陕西省内舆论普遍认为延安大学医学部排省老三，次于四军医和西交医学部，强于陕西中医药和西安医学院。
西北工业大学和西北大学都于2018年上马了医学部，西北工业大学附属了陕西省人民医院，西北大学附属了西安第一医院和第三医院。最快今年西北大学临床医学本科开始招生。个人建议开对这种新开专业，除非是想冲985、211或是有学校情节的，否则先不要报考这两所高校的医学院，因为他们是自建医学院，各方面条件肯定还有不要完善的地方，等到第一届毕业生出炉，有了就业和深造相关信息才能清晰的确定发展方向。但是从长远来看，西工大贵为副部级985，西北大学省属211老大哥，无疑会冲击陕西省医学高教格局。
就现状而言，陕西中医药大学强于西安医学院是毫无疑问的，在可见的发展上，西安医学院也没有区位、扶持力度等很突出的后发优势。
故陕西中医药大学好于西安医学院。
